Η Ιωάννα Λίλη και ο Θοδωρής Ζαγοράκης είναι παντρεμένοι εδώ και αρκετά χρόνια και έχουν αποκτήσει δυο παιδιά την Μαρία και τον Ιωάννη. Το ζευγάρι έχει έδρα τη Θεσσαλονίκη και ο μπαμπάς της οικογένειας πηγαινοέρχεται στις Βρυξέλλες για τις επαγγελματικές του υποχρεώσεις στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο.
Η Ιωάννα Λίλη, ανέβασε στον προσωπικό της λογαριασμό στο Instagram μερικές φωτογραφίες μαζί με τη Μαρία, η οποία έχει μεγαλώσει αρκετά και μας φαίνεται πως μοιάζει πάρα πολύ στον μπαμπά της, πρώην ποδοσφαιριστή και νυν Ευρωβουλευτή Θοδωρή Ζαγοράκη.